El Fuerte de San Carlos se puede considerar el más antiguo de Santoña. Es la primera línea de defensa de la bahía que podemos encontrar en la falda del monte Buciero. Al igual que el fuerte de San Martín, su estructura se divide en dos niveles: una parte de abajo hecha a partir de piedra caliza y una galería con forma de “L” pensada para las armas de artillería y otra parte con una amplia terraza a cielo abierto donde se localizaban los 37 cañones. En el nivel superior se conservan todavía algunos edificios rectangulares utilizados para vivienda, uno de ellos probablemente era un polvorín.

Su historia se remonta hasta 1688 cuando el santoñés Juan de Maeda propuso a la Corona reconstruir a su costa el punto militar de La Torrecilla. Cuando se consiguieron todos los permisos necesarios, se hicieron las obras y el fuerte pasó a llamarse San Carlos, en honor al rey Carlos II. El monarca, por su parte, tomó la determinación  de nombrar al alcalde del fuerte y a su teniente con el título de castellanos y gobernadores del castillo de San Carlos que ya lo eran también del fuerte de San Martín.